Walter Salzburger 刚刚发表了一篇评论文章，文章基于对代表 150 个物种的 450 个东非慈鲷基因组的深入研究，其中包括来自维多利亚湖的慈鲷。最近对 RAD 全基因组测序技术的改进使这一研究成为可能。通过对数量惊人的慈鲷物种（而且还在不断增加）的全基因组进行比较，我们发现了一些趋势。杂交产生的重组/改组被认为是建立和维持物种群遗传变异的一个重要因素，这一点不足为奇，但它并不是遗传变异的唯一来源。

        显然，除了杂交之外，慈鲷基因组的某些特征也是东非慈鲷爆炸性进化的原因，而变异显然不是主要原因。事实上，东非慈鲷的基因突变率并不高：大约比人类低 3-4 倍。然而，整段或多个基因被过度拷贝、从而为自然选择提供额外拷贝的基因重复现象，比其他鱼类高出4.5-6倍。此外，转座元件——能够自我复制并在基因组中移动的病毒序列，有时还会携带其他基因（插入序列，如 SINEs（短散在核内元件））——在东非慈鲷基因组中数量非常庞大，这也是促进重要遗传变化的另一种途径。

        Salzburger（2018年）对此总结道：“对东非大湖区——维多利亚湖、马拉维湖和坦噶尼喀湖——中种类极其丰富的慈鲷物种群进行的首轮基因组研究显示，基因重复、加速的编码序列进化、转座元件插入以及调控进化是导致爆发性分化的候选基因组特征，但未发现核苷酸突变率的上升。”他还写道：“随着五个参考基因组和众多其他基因组资源的发布，以及功能基因组学技术的建立，慈鲷体系完全进入了基因组时代。”

        未来如何？“总体而言，到目前为止，只有极少一部分东非慈鲷物种做过基因组测序。要想全面了解慈鲷中适应性辐射与爆发性分化背后的基因组基础，我们需要更多物种的基因组，并且质量必须更高。”或许明年同一时间，我会再次撰文介绍慈鲷基因组学的持续进展。敬请期待。


参考文献

--Leibel, W. (2017) 《杂交是慈鲷快速物种形成的机制》。《慈鲷资讯》 26(4)： 24-29.
--Meier, J. D., A. Marques, S. Mwaiko, C. Wagner, L. Excoffier & O. Seehausen (July) (2017 (July)). 《古老的杂交推动了慈鲷鱼的快速适应性辐射》。《自然通讯》第 8 卷：第 14363 条。
--Pennisi, E. (2016) 《动摇生命之树》。 《科学》（11 月 18 日）第 354 卷第 6314 期第 817-821 页。
--Pennisi. E.（2018）《杂交催生了维多利亚湖丰富的鱼类多样性》。《科学》（8 月 10 日），第 361 卷，第 6402 期，第 539 页
--Salzburger, W. (2018) 《通过慈鲷鱼基因组学理解爆炸式分化》。Nature Reviews / Genetics (August15 2018). doi: 10.1038 / s41576-018-0043-9.
--Seehausen, O. 1996. 《维多利亚湖岩栖慈鲷》。《维多利亚慈鲷》，荷兰，第304页。

注：文中图片均由 Greg Steeves 提供。